Penubuhan Sekolah Rendah Islam Ibnu Nafis pada tahun 2002 bermatlamat menyediakan sebuah sistem pendidikan Islam yang lengkap. Ia menjadi alternatif kepada masyarakat untuk menghantar anak mereka mengikut sistem pembelajaran yang disusun di sekolah ini.

Seperti yang kita semua sedia maklum, keperluan kepada sebuah sekolah yang beraliran Islam ini sangat penting melihat kepada gejala sosial dan masalah akidah yang berlaku pada hari ini ditahap yang amat membimbangkan.

Pada awal penubuhannya, Sekolah Rendah Islam Ibnu Nafis hanya mempunyai 6 orang pelajar sahaja. Namun dengan semangat pihak pengurusan sekolah dalam meneruskan operasinya, hasilnya dapat kita lihat apabila setelah 10 tahun, jumlah pelajar telah meningkat sehingga mencecah hampir 200 orang. Jumlah ini terus meningkat dari tahun ke tahun.

Dengan peningkatan jumlah pelajar yang memberansangkan, pihak sekolah mengambil keputusan untuk membangunkan sebuah sekolah yang lebih kondusif bagi menampung jumlah pelajar tersebut.

Hasil sokongan semua pihak, sebuah tanah seluas 7.3 ekar telah dibeli bagi membangunkan sebuah kompleks pendidikan Islam yang bukan sahaja menempatkan Sekolah Rendah Islam Ibnu Nafis, tetapi juga Sekolah Menengah Islam Ibnu Nafis, Maahad Tahfiz Ibnu Nafis, dan Pra Pendidikan Ibnu Nafis.